El retablo mayor es obra de Luis de Figueroa, de 1629 y consta de banco, dos cuerpos y ático, que contienen siete lienzos de Francisco de Zurbarán. En la parte central del banco se sitúa un tabernáculo con sagrario y relieve del “Niño Buen Pastor”, flanqueado por pinturas de la “Visión de los animales impuros de San Pedro” y la “Conversión de San Pablo”. En el primer cuerpo, el lienzo central e
s de Miguel Polanco “El martirio de San Esteban” y está flanqueado por “San Pedro” y “San Pablo”, lienzos de Francisco Zurbarán (1635). En el segundo cuerpo, obra de Miguel Polanco, la pintura central representa “la Adoración de los Pastores” y está flanqueada por “San Fernando y “San Hermenegildo” atribuidos a Zurbarán. Sobre el ático, el Calvario completo, formado por sendas pinturas de «El Crucificado», «la Virgen» y «San Juan». La mesa del altar, en el centro del presbiterio, presenta un fragmento de alicatado mudéjar del último tercio del siglo XIV.
En la nave del evangelio, empezando desde su cabecera se encuentra, en primer lugar, el retablo de Nuestra Señora de la Luz, imagen del siglo XVIII titular de la Hermandad de Gloria.
Antes de llegar a la puerta de acceso a la antigua sacristía, podemos contemplar una pintura del siglo XVII sobre el tema de la Degollación de San Juan Bautista.
A continuación, se levanta la capilla del Sagrario, precedida de una monumental portada barroca que preside un lienzo de San Juan de Ribera realizado por Alfonso Grosso con motivo de la canonización del santo sevillano en 1960. En su interior, profusamente decorada con yeserías policromadas de 1767 se encuentra en el centro de un retablo barroco una notable Inmaculada Concepción, obra de Agustín Perea (1650-1701) y una imagen del Corazón de Jesús, que es una obra de juventud del imaginero Sebastián Santos Rojas. Igualmente son dignos de mencionar los paños de cerámica policromada del siglo XVII que revisten los paramentos.
Finalmente, a los pies de la iglesia, se sitúa el retablo de San José. De estilo barroco ejecutado en el siglo XVIII, se encuentra presidido por su imagen titular atribuido a la escuela de Duque Cornejo y flanqueado por esculturas de San Antonio de Padua y San Bartolomé. En el ático efigie de San Blas.
El retablo de Santa Ana está atribuido a Dionisio José Gutiérrez (se le atribuye por ser similar al desaparecido de la Virgen de los Desamparados de Marchena, que sí está documentada su autoría). El grupo escultórico de Santa Ana y la Virgen niña está atribuido al taller de Pedro Roldán. La Virgen del Carmen, de autor desconocido, es una talla de los primeros años del siglo XIX.
En la nave de la derecha o de la epístola recibe culto en un altar de estilo neoclásico el Cristo de la Salud y del Buen Viaje, escultura del siglo XVI y, a continuación, la Virgen de los Desamparados, esculpida en 1926 por Manuel Galiano Delgado. A continuación, podemos contemplar una buena pintura de la “Virgen de la Antigua” del siglo XVII y a los pies de la nave se exhibe un retablo de principios del siglo XIX, con una escultura de Santa Ana y la Virgen niña de la misma época y sobre el ático, efigie de la Virgen del Carmen.
En el interior de la sacristía, una lápida de mármol nos recuerda que en la iglesia de San Esteban se bautizó el 4 de mayo de 1622 el genial pintor Juan Valdés Leal.